La batalla entre Light Yagami y L sigue sin tregua. Un nuevo elemento se suma a los planes de Light, el de la joven Misa que también posee un Cuaderno y que está dispuesta a lo que sea con tal de ser la pareja de Light. Y por supuesto, este no duda en utilizarla.
La historia se centra en Light Yagami, uno de los mejores estudiantes de todo Japón que lleva una vida demasiado aburrida para sus estándares, y que juzga al mundo por estar podrido. Todo cambia radicalmente cuando se topa con un cuaderno (el que da nombre a la serie) que confiere poderes sobrenaturales a su portador: si se escribe el nombre de una persona y se visualiza mentalmente su rostro, esta morirá en la forma deseada (o de un ataque al corazón si no se especifica). Cuando Light confirma que es cierto, decide utilizarlo para matar a todo aquel que está corrompiendo al mundo, para liberarlo de toda maldad. Pronto descubrirá el origen del cuaderno, quién era su anterior portador, y la trama de consecuencias que sus acciones desencadenarán. Por ejemplo, la aparición de L, un detective decidido a atraparlo y descubrir su verdadera identidad.